Năm 1904, am lá được xây cất lại. Và kể từ đó cho đến nay, chùa có hai lần trùng tu lớn, đó là vào thời hòa thượng Huệ Minh trụ trì (1904 -1915) và vào năm 1960. Năm 1963, hòa thượng Thích Phước Quang cho xây lại cổng tam quan, do kiến trúc sư Nguyễn Bá Lăng vẽ kiểu. Tuy được trùng tu lại vài lần, nhưng chùa vẫn theo kiến trúc cổ với bộ khung gỗ và mái ngói âm dương.

Chùa Phụng Sơn xây theo kiểu chữ "quốc" (chữ Hán), dài trên 40 m, rộng gần 20 m, có hàng hiên chạy quanh bốn phía. Bên trong chùa chia ra hai khu rõ rệt, phía trước là chính điện, cách một sân lộ thiên, phía sau là nhà giảng. Hai bên sân lộ thiên có đông lang và tây lang, nối liền hai nơi. Sân lộ thiên có hòn non bộ, tượng Quan Âm và cây cảnh, nhờ có khoảng sân này nên chùa được thoáng đãng, sáng sủa. Nơi chính điện, các cột đều làm bằng gỗ tốt, lâu ngày đã trở nên đen bóng. Chùa thờ kiểu "tiền Phật, hậu Tổ". Điện Phật có nhiều tượng Phật xưa bằng gỗ, thiếp vàng chạm trổ mỹ thuật. Tổng cộng chùa có khoảng 40 pho tượng thờ. Nhiều tượng thờ do nhóm thợ từ Sa Đéc, do hòa thượng Huệ Minh mời đến chùa để tạo tác vào những năm đầu thế kỷ 20. Có nhiều pho tượng quý như bộ Di Đà Tam Tôn, bộ Ngũ Hiền thượng kỳ thú, pho tượng Phật bằng đá, tượng Tiêu Diện...